日本では、戦前の財閥本社が純粋持株会社の形態を採っていた。しかし、戦後に制定された独禁法によって、持株会社たる会社の設立及び既存の会社の持株会社化が禁止された。その後、1997年の同法の改正によって純粋持株会社が解禁された。解禁後の第1号は、同年に株式会社神戸セントラル開発が商号を変更し純粋持株会社となった株式会社ダイエーホールディングコーポレーションである（その後、同社はダイエーグループの経営悪化による合理化で2001年に解散）。

上場会社においては、1999年に大和證券株式会社が商号を変更し純粋持株会社となった株式会社大和証券グループ本社が第1号である。

近年は、2社以上の経営統合において、共同で持株会社を設立して両社がその子会社となったのちに、企業合併などの再編を行う事例が多くなっている。