自衛隊の創設以来、自衛隊は日本国憲法第9条が謳う戦争放棄に反するのではないかという論争が続いている。現在、日本政府は憲法は自衛戦争を禁ずるものでないとする憲法解釈により自衛隊は合憲としているが、逆の解釈をする自衛隊違憲運動も根強い。この問題を解決するため、自衛隊を正当な軍事組織として憲法に明記すべきだと主張する改憲運動と、それに反対する護憲運動の対立が続いている。

自衛隊の法的根拠は自衛隊法であるがこれは軍法ではなく自前の裁判所たる軍法会議も持たない。これは日本国憲法第76条が特別裁判所の設置を禁じているためである（ここでいう特別裁判所とは最高裁の審判を受けない裁判所のことであり、最高裁の判断を仰ぐことができるのであるならば、設置は可能）。その為、有事の際に作戦行動を行うと殺人罪などの国内法で罰せられる可能性があると以前から法学者や弁護士などから指摘されていた。さらに、日本はジュネーブ条約を1953年に閣議決定していたが、ジュネーブ条約で明記されている文民の保護や敵国捕虜の待遇に関しては、国内法では20世紀末まで未整備のままになっているなど、かなり法整備が遅れていた。これら問題を緩和するため有事法制の整備が進められている。