自衛隊は文民統制下にあり、総理大臣が最高指揮官を務める。また、防衛省背広組は警察庁など自衛隊以外からの出向者が多数含まれている。戦前の陸海軍が大日本帝国憲法の統帥権を根拠に独立性を徐々に強めていったことへの反省から、文民統制の維持に非常に大きな努力がはらわれている。

また、自衛官の政治活動は制限されており、自衛隊イラク派遣で有名となった佐藤正久衆議院議員の立候補は自衛官を辞職した上で行われた。

日本は日本国憲法の規定を根拠に、紛争解決のために軍事力を行使する事を放棄している。しかし、近年は国際社会の要請もあり、特に湾岸戦争のペルシャ湾派遣をきっかけに、自衛隊の海外派遣は以前とは比較にならないほど積極的に行われている。また、旧防衛庁の省昇格では、海外活動や在外邦人の輸送が本来任務に格上げされた。