東南アジア諸国とは基本的に友好関係を構築しており、タイ、フィリピン、マレーシアなど経済的にも文化的にも関係が深く、互いの国民に対する感情も良いとされる。また、日本はこれら各国との自由貿易協定 (FTA) の締結を模索している。

• タイはタイ王室と皇室の関係が良好である。
• フィリピン人は日本国内において、国籍別で第4位の人口を持つ在日外国人である。
• シンガポールとは日星協定を行っており、日本にとって初めての自由貿易協定締結国となっている。
• 東ティモールには、自衛隊も国連平和維持活動 (PKO) として派遣された。
• カンボジアへは経済面での支援を行っており、また文化面では共産主義ポル・ポトにより破壊弾圧された仏教的施設・信仰の復興に日本の仏教界は大きく貢献している。地雷の撤去活動なども精力的に行われている。
• スマトラ島沖地震では、日本は金額で国別3位の支援を早急に決めて拠出し、さらにインドネシアのアチェ州へは自衛隊の艦艇の派遣が決定している。防災システムの構築にも支援を行うことを約束している。

以上のように、日本と東南アジアの関係は基本的に良好な状態にある。日本政府は東南アジア諸国連合 (ASEAN) 諸国との間で定期的に首脳会談を行っており、東南アジア諸国との関係を重視している。また、この地域の海域（特にマラッカ海峡）は、日本が中東から輸入した原油の9割近くが通過するなど日本の貿易上非常に重要なルートであるが、海賊が頻繁に出没している。その対策として、海上保安庁が東南アジア諸国の沿岸警備隊に対して指導・共同訓練を行っている。