日本は南アジア各国とも友好関係を保っている。しかし、日本は被爆国であるため、インドおよびパキスタンが核実験を行ったことからこれら核保有国とは距離を置いていた時期もあった。特に、パキスタンに対しては1998年（平成10年）の地下核実験から2005年（平成17年）4月まで援助を停止していた。

しかし、自衛隊イラク派遣などで、安全保障の観点から中東への影響力が強いパキスタンの協力が必要と感じた日本政府は、当時の小泉純一郎首相がパキスタンを訪問したのを機に有償資金援助を再開した。そしてインドは近年の著しい経済発展や、情報技術での実績が注目されており、外務省は2006年（平成18年）にアジア大洋州局の中に新たな部門として南部アジア部を設置している。またG4として共に行動するなど関係強化を目指している。さらに2008年10月には、両国首脳が日印安全保障協力共同宣言に署名し、日本にとって、インドはアメリカ、オーストラリアに次いで、安全保障分野で正式な協力関係を結んだ3番目の国となった<ref></ref>。

世界最貧国の一つとも言われるバングラデシュに対して、日本は経済、保健、自然災害対策など多くの面で援助を行っている。