元来、現在のベネルクス地方は神聖ローマ帝国領土の一つで、毛織物産業や海上貿易により栄えていた。

15世紀末からハプスブルク家のスペイン領土として植民地化された。しかし、宗主国スペインによる重税政策に対する反発とともに、主に現在のオランダ地域を中心とするネーデルランド北部地方の宗教は利潤追求を求めるカルヴァン派が多数を占めていたため、カトリックを強制する宗主国スペインとの間で1568年にオランダ独立戦争が勃発した。しかし、戦争の長期化により、カトリック教徒の多かった南部10州（現在のベルギーとルクセンブルグ）は、独立戦争から脱落した。この八十年戦争の結果、1648年のウェストファリア条約で独立を承認された。

ネーデルラント連邦共和国は17世紀初頭以来東インドを侵略してポルトガルから香料貿易を奪い、オランダ海上帝国を築いて、黄金時代を迎えた。しかし、イングランドとの3度にわたる英蘭戦争で大きな打撃を受け、18世紀末にフランス革命が勃発すると、革命軍が侵入しバタヴィア共和国が成立した。間もなく、ナポレオンの弟ルイ・ボナパルトを国王とするホラント王国に変えられ、さらにフランスの直轄領として併合された。

ウィーン条約ではこれまでオーストリア領であった南ネーデルラント（現在のベルギー、ルクセンブルク）を含むネーデルラント王国が成立し、オラニエ＝ナッサウ家が王位に就いた。これが現在のオランダ王国の起源である。ただし、ベルギーは1830年にオランダに対して独立戦争を起こし、1839年にはオランダはベルギーの独立を承認した。

ナポレオン戦争後はイギリスが世界覇権を称え、オランダの海上覇権は地に落ちた。オランダは残された東インド植民地（インドネシア、オランダ領東インド）の領域支配を進め、この地において過酷な植民地支配を行った。第一次世界大戦では中立を維持したが、第二次世界大戦では中立宣言にもかかわらずドイツに本国を占領され、オランダ王家はイギリスに亡命した。

その後1941年に中立を破棄し日本に宣戦布告するが、東インド植民地はまもなく強力な日本軍に占領された。戦後に日本軍が撤退した後は再びインドネシアに侵攻してインドネシア独立戦争を戦ったが、戦後国力が低下していた上に、これまでの過酷な植民地支配に憤慨した独立勢力を抑えることは出来ず、独立を承認せざるを得なくなり、結果として国際的地位の低下を招いた。しかし現在もカリブ海に植民地を保有する上、インドネシア政府から長年の植民地支配に対しての謝罪要求が来るものの、これを無視し続けている。

なおベネルクス3国としてヨーロッパ共同体の創設メンバーとなり、ヨーロッパ連合に発展させた。