大相撲は、力士が大銀杏などまげ（髷）を結うなどの日本の伝統的・古風な文化の他、土俵上への女性の立ち入りを認めない（春場所は2000年以降、時の大阪府知事・太田房江による知事賞の直接授与が認められなかった）など、男性優位の「伝統」が強く保たれている。その為、一部のフェミニストからは異論の声があがっている。

横綱審議委員会と言う諮問機関や、一部の事務職を外部から採用している以外、すべて元力士（年寄）によって運営され、その閉鎖性は繰り返し指摘される。かつてはおおむね年寄は短命であり、年寄株もむしろ余り気味なのが通例だったが、近年では空き株がほとんどない状況が続いている。結果として年寄株の高騰を招き、「準年寄」制度の導入などで対応したが、それでも数々のトラブルが発生している。なお、準年寄制度は2007年に廃止された。

小錦、若乃花（花田勝）、曙といった、大関・横綱を務め人気もあった人たちが次々協会を離脱しているのには、芸能界や格闘技、プロレスなど他分野に新天地を求めたい気持ちがあるが、親方になっても日本相撲協会から雇われる身という将来が保証されていない現状であり、そうした先行きの不透明感も一因としてあると言われている。

さらには、伝統に対して対立していた朝青龍に対し多々の問題に関して、日本相撲協会が2007年には2場所出場停止と謹慎という異例の処分を下したことにより日本並びにモンゴルのマスメディアがこの処分を大々的に報道し、騒動となった。

なお、年寄になるためには、日本国籍が必要である。運営上の閉鎖性問題もあるが、これは日本相撲協会が文部科学省所管の財団法人であることが大きい。

現実に外国出身で三役、横綱まで務める者が現れているが、彼らは協会に残るために日本国籍を取得（帰化）している（前述の元関脇・高見山、現・東関親方など）。

また、度々力士養成員の手当金の親方による着服疑惑とそれによるトラブルが指摘され続けているが、関取になったときに力士として認められるという慣習ゆえに、対応が取られた様子は当然ない。

大相撲の公演中、升席では喫煙が認められていたが、健康増進法の施行に伴い、2005年（平成17年）1月場所から全館禁煙となった（室内スポーツの観覧席で唯一タバコが吸えたのが大相撲の升席であったが、以前から他の観客や力士の健康や防災面からも異常との指摘も多く、ようやく重い腰を上げた形である）。そのため、升席で使用していた灰皿が相撲博物館に寄贈された。灰皿は陶製の物であるが、木枠に入っているなど特殊な形状をしている。

俗に「かわいがり」と言われる（稽古に名を借りた）私刑が横行している状況であり、新人に対し竹刀を用いて身体を叩くなどの厳しい指導を行うことに対する批判がある。→体育会系

2007年には時津風部屋力士暴行死事件が発覚。愛知県警が双津竜順一らを立件する事態にまで至り、日本相撲協会北の湖敏満理事長が文部科学省より呼び出され事情を説明する騒ぎとなっている。また、時津風部屋では日本相撲協会による事情聴取についてマスメディアが駆け付けた際に時津風部屋所属力士が憤慨しカメラマンに暴行する事件も発生している。

また、近年の日本では力士になりたいと思う少年が次第に減少し、2007年の名古屋場所では新弟子検査の受検者が0人であった。さらに大学相撲出身者と外国人力士の増加により、宗教色を帯びた伝統的な儀式というよりも一般スポーツ競技の一種としか捉えていない力士も多い。