1999年から2006年5月までは以下のような方針で行われた。おおむね前述までの算出方法とほぼ同じだが、以下のような違いがある。

• 過去96ヶ月間の国際Aマッチが対象
• 96ヶ月を12ヶ月ずつ8つに区切り、直近の12ヶ月ごと獲得したポイントを1.0倍、7/8倍、6/8倍、……、1/8倍とする。
• 各12ヶ月間の中で高いポイントを稼いだ7試合の数字が重視される。
• 試合の重要度の係数が以下のようになっていた。
  • 1.00：親善試合
  • 1.50：大陸選手権予選、FIFAワールドカップ予選、FIFAコンフェデレーションズカップ
  • 1.75：大陸選手権本大会
  • 2.00：FIFAワールドカップ本大会
• 地域間係数が以下のようになっていた。

  UEFA: 1.0　CONMEBOL: 1.0　CONCACAF: 0.86　AFC: 0.90　CAF: 0.86　OFC: 0.84

• アウェーでの勝利や試合における得失点も加味されていた。
• 勝敗に関するポイントも、試合によってバラバラであった。

1999年から適用されたこの算出方法では、1年ごとに7試合を抽出するため、試合数をこなすだけ、勝利を重ねるだけで上位に進出することは少なくなった。また、強豪国相手の惜敗は弱小国相手の勝利よりも高く評価されることもあった。しかし、依然として大陸間の実力格差と実際のランキングのズレを解消するには至っていなかったため、2006年7月12日発表分で再改定されることとなった。