番付編成後から発表までの間に、通常の引退以外の事情で力士が力士でなくなった場合は番付を再編成せず、その力士がいた地位を空位にすることとなっている。

一番多い事例は、力士が死亡した場合である。例えば、1971年10月に急死した横綱玉の海の場合は11月場所番付で西横綱を空位にしている。ただし、残った横綱が東横綱の北の富士一人のみであったため形式上は不自然な番付にはならず、一般的には空位の事例として考えられていない。また、1990年（平成2年）2月に急死した龍興山の場合は1月場所が新入幕で勝ち越しており、龍興山の地元である大阪での翌3月場所を自己最高位で迎える予定であったため「四股名だけでも故郷に錦を飾らせたい」という配慮により番付に四股名が残された。

2007年11月場所の番付で西前頭11枚目が空位となった。場所の直前（番付編成後）に時津海が引退して年寄時津風を襲名して時津風として番付に載ることとなり、番付上の重複を避けるために空位とした。これは幕内では1873年（明治6年）11月場所に、高砂浦五郎とそのグループ（改正組）を除名したとき以来（前述のケースを除いて）で134年ぶりだった。また、2008年9月場所の番付では、7月場所後の番付編成で東前頭8枚目に据えられた若ノ鵬が8月21日付で解雇されたため同地位が空位となった。高砂除名組のときは該当者が墨で塗りつぶされたが、時津海、若ノ鵬の際には空白となった。なお同年9月8日付で解雇された露鵬・白露山の2力士は番付発表後の解雇だったこともあり9月場所の番付には名前が残っている（ただし同年9月14日付の番付では空白となっている）。2009年（平成21年）3月場所の番付では若麒麟が2月2日付で解雇されたため、西十両筆頭が空位となった。

また、1976年（昭和51年）10月に朝日山部屋の相続をめぐっての騒動でトンガ王国出身の幕下以下の力士が廃業に追い込まれたときも、11月場所の番付では幕下以下のそれぞれの場所が空位とされた。1981年（昭和56年）9月場所番付において、東西の正横綱（北の湖、千代の富士）が「横綱大関」として番付上大関を兼務、純粋な大関不在の変則番付になったことがある。（後述。〈横綱大関〉の項目も参照）

2008年3月場所番付において心労を理由に休場した時津風部屋の3力士の番付が据え置かれることが1月26日の臨時理事会で承認され、1月30日の番付編成会議で正式決定された<ref></ref>。戦後公傷を除き全休力士の番付が据え置かれたことは無い<ref>昭和の戦中期、軍隊に徴用された力士について、但し書きとともに番付外に張り出して、地位を留保した例はある。やがて軍部から「軍機に触れる」の咎めがあって、1942年（昭和17年）1月場所から廃止され、兵役についた力士は番付から名前を消し、復帰時に元の成績相当の地位で出場させることにした。</ref>。この異例の判断に理事長の北の湖は「3力士とも（時津風部屋力士暴行死事件の）捜査に協力しているため、社会通念上決めた」と語った<ref></ref>。